החל משנה"ל תשפ"א - המגמות קלינית מבוגר, קלינית ילד וקלינית-שיקומית אוחדו לכדי מגמה אחת בשם "המגמה הקלינית". במסגרת הלימודים במגמה הקלינית ניתן יהיה להתמקד בתחומי הכשרה הנוגעים לפסיכולוגיה קלינית של המבוגר, פסיכולוגיה הקלינית של הילד, ופסיכולוגיה קלינית-שיקומית. מיקוד זה יאפשר לתלמידים להתקבל להתמחות קלינית או שיקומית.
באופן מסורתי הפרקטיקום בשנה א' מתבצע בתוך הקליניקה בבר אילן, הפרקטיקום בשנה ב׳ הוא פרקטיקום משולב בין פנים לחוץ. כלומר, בנוסף לפרקטיקום חוץ ממשיכים גם בפרקטיקום פנימי בקליניקה של האוניברסיטה.
מלבד הפרקטיקום, הלימודים במגמה המאוחדת יהיו משותפים כך שכולם יקחו את אותם הקורסים, ולאחר חלוקה למיקודים השונים- ההתמחויות השונות הנדרשות יקבלו מענה גם בקורסי בחירה שונים (ילד, מבוגר, שיקומית).
במסגרת המגמה המאוחדת יתקבלו כ-42 סטודנטים.
המסלול מושתת על מודל הכשרה המכוון לאינטגרציה בין הפן הקליני-יישומי לפן המחקרי.
בשנה הראשונה, הלימודים מתפרסים על פני שלושה - ארבעה ימים עמוסים בשבוע (לתלמידי מסלול ישיר לדוקטורט -במסגרת מלגת נשיא- יש חמישה ימי לימודים). הלימודים כוללים קורסים עיוניים בנושאים שונים של פסיכותרפיה. אין כל פיצול בין המגמות בקורסים האלו בשנה א׳. בסמסטר א׳ לומדים אבחון ילד ובסמסטר ב׳ אבחון מבוגר. החלוקה לקבוצות קטנות בקורסים השונים מתבצעת באופן רנדומלי בשנה א׳, ללא קשר לילד, מבוגר או שיקום. הפרקטיקום מתקיים במסגרת הקליניקה הטיפולית בתוך כתלי המחלקה, ולכל סטודנט ע"פ רוב שני מטופלים.ישנה הדרכה בפסיכותרפיה דינמית פעם בשבוע- פגישה קבוצתית של 4 שעות, וכן הדרכה אישית (אחת לשבועיים) עם מנחה/מנחת הפרקטיקום. בנוסף, נדרש כל סטודנט להעביר אבחון חלקי לשני מאובחנים (בריאים) ולכתוב על כך דו"ח. כן נדרשת כתיבת סיכומי טיפולים לכל אחד מהמטופלים.
בשנה השניה, ישנם שני ימי לימודים עיוני אחד באוניברסיטה. בנוסף ישנם 2 ימי פרקטיקום (משתנה לפי מקום הפרקטיקום)- יום אחד בקליניקה הטיפולית בבר-אילן, ויום מחוץ לבר אילן. הפרקטיקום בשדה מתקיים בבי"ח גהה, התחנה לבריאות הנפש בפתח תקווה, בי"ח שלוותה, מחלקת נשים בבי"ח יעקב, בי"ח שניידר או בתי חולים אחרים, במחלקות אשפוזיות, מחלקות יום, או במרפאות שבמסגרת בית החולים. ניתנת אפשרות לסטודנטים המתגוררים רחוק לתאם פרקטיקום סמוך למקום מגוריהם. במסגרת הפרקטיקום שמתקיים בקליניקה הטיפולית שבבר-אילן ניתן לבחור בין מסלולים שונים- טיפול בגישה דינמית, טיפול קצר מועד, טיפול קוגניטיבי התנהגותי, ולעתים יש מסלולים נוספים. בשנה הזו מעבירים שני אבחונים נוספים במסגרת הפרקטיקום שמחוץ לבר אילן, כלומר לשני מטופלים במחלקה במסגרת בית החולים. בשלב זה מדובר על איבחונים מלאים שבסופם נכתב דו"ח. גם בשנה זו נדרשים הסטודנטים לכתוב סיכומי טיפול על כל המטופלים, לרוב בסביבות ארבעה מטופלים.
האוריינטציה של המגמה היא אינטגרטיבית. בשנה א' היסודות מוקדשים ללימוד דינאמי מעמיק. ניתן דגש משמעותי על אבחון פסיכודיאגנוסטי וכן נלמדים קורסים בתורת הריאיון הקליני, פסיכופתולוגיה ותיאוריות פסיכודינמיות. נוסף על כך, ישנם קורסי בחירה נוספים המאפשרים למידה תיאורטית של הוגים פסיכואנליטים. נוסף על הדגש הדינמי, ישנם גם קורסים בטיפול משפחתי, EFT, וב-CBT, וכן פרקטיקום קוגניטיבי התנהגותי/סכמה תרפיה במהלך השנה השנייה ללימודים. קורסי הבחירה מחולקים לשלושה אשכולות: פסיכותרפיה, סטטיסטיקה ופסיכופתולוגיה. יש לקחת קורסים מכל אחד מהתחומים.
הייחוד העיקרי של המגמה הוא הקליניקה של בר אילן, סביבה מאוד מוגנת לתחילת ההתנסות כמטפל/ת.
בבר אילן, שני הסטודנטים בעלי ממוצע התואר הראשון וציון המתאם הגבוהים ביותר מכל מגמה מקבלים מלגת נשיא - מלגת מחיה של כ-3000 ש"ח בחודש למשך ארבע שנים (160,000 לכל התקופה) ופטור משכר לימוד. קבלת המלגה מהווה כניסה למסלול דוקטורט ישיר שבו חובה לסיים את לימודי המוסמך (תואר שני) והדוקטורט תוך ארבע שנים מתחילת הלימודים. אולם בשנת הלימודים תש"ף בוטל המסלול הישיר לדוקטורט לפני תחילת הלימודים במגמות הקליניות, כאשר יש אוצפיה להחליט במהלך הלימודים על מסלול ישיר לדוקטורט, בהתאם למעבדת המחקר בה נעשית התזה. קיימת מגבלה מסויימת על עבודה מחוץ ללימודים עצמם לסטודנטים במסלול ישיר לדוקטורט, אך באישור מתאים ניתן לעסוק גם בעבודה נוספת. כמו כן, קיים מסלול נוסף, "המסלול המשולב" המאפשר מעבר לדוקטורט בלא תזה, כבר בשנה השנייה ללימודים. חשוב לציין שמסלול זה הוא ללא מלגה אוטומטית ויש להגיש מועמדות למלגה. בנוסף, יש אפשרות להגיש בקשה למלגות אחרות הניתנות על ידי האוניברסיטה, ונראה כי רבים מבין המבקשים מקבלים את המילגה.
על הסטודנטים למצוא מעבדה בה הם מעוניינים לעשות תזה, כשהתנאים ושעות העבודה משתנים ממעבדה למעבדה.
במהלך כל התואר, כל סטודנט מלווה על ידי מנטור, איש סגל מתוך המגמה. סטודנטים מהמגמה מספרים על היחס האישי במגמה והאכפתיות של הסגל כלפי התהליך שעוברים הסטודנטים.
מחזור 2020-2019 (תש"ף) - 14 סטודנטים
מחזור 2019-2018 (תשע"ט)- 14 סטודנטים
מחזור 2017 - 2018 (תשע"ח) - 14 סטודנטים
מחזור 2016 - 2017 (תשע"ז) - 14 סטודנטים
מחזור 2015 - 2016 (תשע"ו) - 13 סטודנטים
מחזור 2012 - 2013 (תשע"ד) - 14 סטודנטים
מחזור 2010 - 2011 (תשע"א) - 14 סטודנטים
מחזור 2009 - 2010 (תש"ע) - 14 סטודנטים
מחזור 2007 - 2008 (תשס"ח) - 15 סטודנטים (מתוכם 3 בנים בלבד...)
ציון מתא"ם - 115 (סטודנטים אשר ניגשו למבחן המתא"ם יותר מפעם אחת, באחריותם להודיע למזכירות המחלקה מהו הציון הרלוונטי להתייחסות. במידה והמועמד לא מודיע, ברירת המחדל היא המתא"ם האחרון)
ציון התואר הראשון בפסיכולוגיה - 90
ציון בחוג השני - 80
*במסגרת תכנית קבלה נפרדת למגזר החרדי, החל בשנת תשע"ד מציעה המגמה עד שני מקומות לסטודנטים חרדים (ניתן להגיש עם כל ציון מתא"ם, אך אם ציון המתא"ם נמוך מהנדרש, יש להגיש בקשה דרך ועדת חריגים). תכניות דומות מתקיימות במגמות קלינית שיקומית וקלינית ילד.
בשנת תשע"ב הוחלט להעלות רשמית את סף ההגשה לציון מתא"ם 110, אך נראה כי יש כוונה לאפשר לסטודנטים עם ציון קרוב לכך לפנות פנייה מיוחדת ולהגיש בכל זאת בקשה.
החל משנת תשע"ב, נכלל ברשימת הטפסים אותם על המועמדים להגיש גם טופס ניסיון מחקרי, שחלקו האחרון הינו אופציונאלי, ובו על המועמד לפרט הצהרת כוונות מחקרית בה מתואר רעיון אפשרי שלו לעבודת גמר (באנגלית, עד 500 מילים).
בשנת הלימודים תשפ"ב: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 106.
בשנת הלימודים תשפ"א: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 104, ממוצע ציוני מתא"ם - 122, ממוצע תואר ראשון - 93.
בשנת הלימודים תש"ף: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 117, ממוצע ציוני מתא"ם - 126, ממוצע תואר ראשון - 92.
בשנת הלימודים תשע"ט: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 114
בשנת הלימודים תשע"ח: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 110, חתך ציוני התואר הראשון - 91
בשנת הלימודים תשע"ו: חתך מתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 111, ממוצע ציוני מתא"ם - 129, ממוצע תואר ראשון - 93.
הליך הקבלה כולל מיון ראשוני על סמך קורות החיים, ציוני התואר וציון המתא"ם. יש צורך בדירוג מנחים מראש - זה חלק משמעותי מתהליך הקבלה והכניסה למגמה. בהמשך תהליך הקבלה חלק מהמועמדים מזומנים לדינמיקה קבוצתית. מי שעובר את השלב של הדינמיקה מזומן לראיון אישי ולאחר מכן לראיון מחקרי (רבים מזומנים גם לשני ריאיונות מחקריים, עם מנחים שונים בהתאם לדירוגים. כמעט כל הסטודנטים שמתקבלים, מגיעים באופן ישיר למעבדה שאותה דירגו ולמנחה שראיין אותם בשלב השני). בסוף סבב הראיונות האישיים כל סגל המגמה נפגש, דן ומחליט מי מתקבל, מי ברשימת ההמתנה ומי נדחה.
על פי פירסומים רשמיים של האוניברסיטה, נתוני הקבלה בפועל למגמות הקליניות היו ממוצע מתא"ם - 122.5 וממוצע ציוני תואר - 94.2. בניגוד למוסדות אחרים, ניתן משקל להבדל בין ציוני התואר הראשון בפסיכולוגיה מעבר לסף 90 (ע"פ נתוני היום הפתוח תש"ע). לרוב, מתקבלים מועמדים עם ציון מתא"ם 110 ומעלה (נתוני יום פתוח תשס"ט).
לגבי סטודנטים מאוניברסיטת בר-אילן - גיליון הציונים יצורף על ידי הועדה לתואר שני. למועמדים באוניברסיטאות אחרות, במידה ויש עדכוני ציונים באחריות הסטודנט לוודא העברת העדכון ע"י המחלקה.
במגמה תקן לסטונט חרדי, שעובר הליך מיון במסלול נפרד.