לימודי התואר השני בפסיכולוגיה רפואית מתמקדים בהבנת הקשר בין המשתנים הפיזיולוגיים לבין המשתנים הפסיכולוגיים והחברתיים המעורבים בהתפתחות תופעות ומחלות גופניות, דרכי התמודדויות איתן ומניעתן - הן בפסיכולוגיה הרפואית של מבוגרים והן בפסיכולוגיה הרפואית של ילדים.
החל משנת הלימודים תשפ"א יפתח מיקוד פסיכו-גרנטולוגיה המכשיר את הסטודנטים לעבודה עם הגיל השלישי.
המסלול מכשיר את בוגריו לעבודה במערכת הרפואית, ולטיפול בחולים במחלות גופניות במסגרת אשפוזית או אמבולטורית.
הכלים הנרכשים די דומים לכלים במגמות הקליניות, מלבד בטריית האבחון הקלאסית שפסיכולוגים רפואיים פחות מתעסקים בה. הבדל נוסף הוא באוכלוסיה איתה עובדים, והעיסוק המורחב בכל הקשור לקשרי גוף ונפש. באופן מעשי, לומדים גם על היבטים פיזיולוגיים, הרפיה ודמיון מודרך.
מ-2016 המכללה קיבלה אישור מהמל"ג להנחות גם לתזה, כאשר הבחירה למסלול תזה נעשית על סמך ציון קורס 'שיטות מחקר'. הסטודנטים שלא יבחרו למסלול תזה, יהיו במסלול עבודת גמר.
במכללה ניתנת מלגה אחת בסכום של 1200 שקלים למצטיין המגמה בכל שנת לימודים. המכללה אינה מציעה מלגות תרגול אך קיימת אפשרות לעבודה בבדיקת תרגילי הסטטיסטיקה של תלמידי התואר הראשון.
הלימודים עצמם הם יומיים בשבוע, בימים שני ורביעי, שהם לרוב ימים מלאים. הפרקטיקום אורך שנה קלנדרית מלאה (מפברואר עד פברואר) ומתבצע בבתי חולים בתחומים שונים (מחלקות אונקולוגיה, קרדיולוגיה, בריאטריה, מרפאות כאב) ובקופות חולים של מאוחדת בתל אביב ובחיפה. ימי הפרקטיקום משתנים ממקום למקום ומדובר סה"כ ביומיים בשבוע (לרוב מלאים). הלך משנת הלימודים תש"ף הסטודנטים מתבקשים לדרג את מקומות הפרקטיקום.
מחזור 2020-2019 (תש"ף) - 26 סטודנטים, 12 מיקוד ילד, 14 מיקוד מבוגר
מחזור 2018-2019 (תשע"ט) - 28 סטודנטים, 9 מיקוד ילד, 19 מיקוד מבוגר
מחזור 2017-2018 (תשע"ח) -19 סטודנטים, 5 מיקוד ילד, 14 מיקוד מבוגר
מחזור 2015-2016 (תשע"ו) - 20 סטודנטים
מחזור 2014-2015 (תשע"ה): 21 סטודנטים - 7 מיקוד ילד, 14 מיקוד מבוגר
מחזור 2010-2011 (תשע"ב): 21 סטודנטים - מהם 7 מיקוד ילד, 14 מיקוד מבוגר
מחזור 2009-2010 (תש"ע): 22 סטודנטים
מחזור 2008-2009 (תשס"ט): 23 סטודנטים - כשני שליש מהסטודנטים במיקוד מבוגר, וכשליש במיקוד ילד
מחזור 2007-2008 (תשס"ח): 19 סטודנטים, מהם 6 מיקוד ילד ו-13 מיקוד מבוגר
ציון מתא"ם - 90
ציון התואר הראשון בפסיכולוגיה - 89
ניתן להגיש מועמדות עם ציון תואר נמוך מ-89 (אך לא נמוך מ-85) במידה וציון המתאם גבוה מ-110. כמו כן, ניתן להגיש מועמדות עם ציון מתאם נמוך יותר (ו87 ומעלה) אם ציון התואר גבוה מ-93.5.
בשנת תש"פ: חתך המתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 82, ממוצע ציוני המתא"ם - 101.
בשנת תשע"ח: חתך המתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 90, חתך ציוני התואר הראשון - 89
המגמה הרפואית מבקשת תיאור עצמי ושתי המלצות, אחת אקדמית ואחת מהשדה.
תהליך המיון למגמה הרפואית כולל ראיון אחד, לרוב עם שני מראיינים (לעיתים נדירות שני ראיונות עם אנשי הסגל של המגמה).
מאנשים שלומדים במגמה עולה הרושם כי הראיונות מאוד שונים זה מזה באופיים כתלות במראיינים השונים. יש ראיונות "סטנדרטיים" שבהם שואלים על הקשר של המועמד לתחום, מה הוא יודע עליו, הרקע הרפואי, טיפול פסיכולוגי, וכדומה. יש ראיונות שבהם נעשית סימולציה, וראיונות נוספים בהם נושא הראיון רחוק מאוד מתחום הלימוד במגמה.
התשובות לגבי הקבלה מתקבלות באמצעות המערכת הממוחשבת, דרך אתר המכללה.