המגמה לנוירופסיכולוגיה קלינית שיקומית פועלת תחת החטיבה למוח, התנהגות וקוגניציה. המגמה עוסקת במבנה המערכת הקוגניטיבית, הקשר בין המבנה המוחי לבין התפקוד, והשפעת פגיעות מוחיות על ההתנהגות, תוך התייחסות להיבטים התיאורטיים והקליניים של פגיעות כאלו. תחום מרכזי נוסף הנלמד במגמה הוא הפסיכולוגיה השיקומית, העוסקת בטיפול פסיכולוגי במטופלים שעברו פגיעה פיזיולוגית (מולדת או נרכשת), וסובלים מנכות פיזית או מנטלית כלשהי, או ממחלה כרונית, הפגועות בתפקודם התקין. תחומי הלימוד נוגעים למבנה המוח ותפקודו, לתהליכים רגשיים, וחברתיים קוגניטיביים הקשורים לאיכות תפקודה של מערכת העצבים ולפגיעות נוירולוגיות, לאבחון נוירופסיכולוגי ולתהליך השיקום הפסיכולוגי לאחר פגיעות גופניות. ההכשרה במסלול זה נמשכת שלוש שנים (לעומת שנתיים ברוב המגמות היישומיות) ומאפשרת בחירה בין תחומים של אבחון נוירופסיכולוגי, שיקום וטיפול לאחר פגיעות מוחיות או תחום הפסיכולוגיה השיקומית (שאינו בהכרח קשור בנוירופסיכולוגיה). בכל אחד מהתחומים הללו ניתן לעבוד עם ילדים, מבוגרים, או שתי האוכלוסיות יחד.
הלימודים נמשכים שלוש שנים. שנת הלימודים הראשונה במגמה אינה כוללת פרקטיקום, אלא לימודים בלבד (בין יומיים לשלושה בשבוע). בשנה ב' וג' יש פרקטיקום, כאשר בשנה ג' אין קורסים באוניברסיטה, אלא רק התנסות מעשית וכתיבת תזה. כמו כן, בשנה השלישית מצטרפים הסטודנטים במגמה לסבב של הסטודנטים לרפואה במחלקה נוירולוגית בבית חולים למשך מספר שבועות.
הפרקטיקום מתקיים במקומות הבאים (רשימה חלקית): מחלקת שיקום ומחלקת שיקום נוירולוגי - תל השומר, בית החולים השיקומי "רעות", היחידה לפסיכואונקולוגיה במכון שרת (הדסה עין כרם), היחידה לאבחון פסיכולוגי של ילדים ונוער (המחלקה הנוירולוגית, הדסה הר הצופים), היחידה הנוירולוגית של הילד בשערי צדק בשילוב עם הגן השיקומי (סמוך לשערי צדק), רקנאטי - המכון הלאומי לשיקום נפגעי ראש.
בכל שנה מתקבלים 9-12 סטודנטים למגמה.
מחזור 2021-2020 (תשפ"א): 11 סטודנטים
מחזור 2020-2019 (תש"ף): 12 סטודנטים
מחזור 2019-2018 (תשע"ט): 10 סטודנטים.
מחזור 2014 - 2015 (תשע"ה): 9 סטודנטים.
ציון מתא"ם: 115
ציון התואר הראשון בפסיכולוגיה: 87
ציוני התואר בשני החוגים יחד: 85
*במסגרת תכנית קבלה נפרדת למגזר החרדי, החל בשנת תשע"ד מציעה המגמה עד שני מקומות לסטודנטים חרדים (תהליך הקבלה זהה, אך ניתן להגיש עם כל ציון מתא"ם). תכניות דומות מתקיימות במגמה הקלינית מבוגר, והקלינית ילד-חינוכית. פרטים אודות המסלול ניתן למצוא כאן.
בשנת תש"ף: חתך המתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 109, ממוצע ציוני המתא"ם - 127, ממוצע תואר ראשון - 93.
בשנת תשע"ט: חתך המתא"ם (הציון הנמוך ביותר) - 107